Dovrebbe derivare da soprannomi originati dal termine del dialetto siciliano cutra (una pesante coperta: famoso il detto siciliano Tutt'a sciarra è p'a cutra ovvero "tutta la lite è per la cutra" un modo per dire "litigare per futili motivi") oppure dal nome meridionale della città di Crotone ossia Cutrone.
Il cognome Cutrone ha un ceppo molisano, uno importante nel barese ed in Sicilia (nel palermitano e nel ragusano). Cutrona è catanese e palermitano. Cutroni, estremamente raro, parrebbe del messinese. Cutrò dovrebbe essere agrigentino. Cutroneo è messinese. Cutronei è unico.
Il cognome Cutroni è 6778° nella regione Sicilia Il cognome Cutroni è 2175° nella provincia di Messina Il cognome Cutroni è 93° nel comune di CASTEL DI IUDICA (CT)