Potrebbe derivare da un soprannome basato sul termine arcaico sardo kugúsa, appio d'acqua o ranino, crescione, o anche dal nome medioevale Cucusa.
Del nome si ha un esempio nei testi medioevali campidanesi: ".Et dedilloi donna Cucusa de Sii, mulieri de donnu Saltori de Unali corrogla, a Sanctu Jorgi de Suelli omnia cantu aeda in sa billa de Sestu.". Si ricorda che Cucusa è anche un nome di località: "...vesindado de Cucusa..." che viene citato in un atto del 1737 a Mamoiada nel nuorese.
Il cognome Cugusi è sardo, del nuorese, con ceppi anche a Cagliari ed a Sassari. Cucusi, quasi unico, dovrebbe essere una forma alterata del precedente.