Dovrebbe derivare da un soprannome di mestiere originato dal vocabolo dialettale cuttuni, ossia "cotone". Veniva utilizzato pertanto per indicare una persona o una famiglia addetta alla coltivazione, impiego o commercio del cotone.
Il cognome Cottone è tipicamente siciliano così come Cottoni che però è molto raro. Cotone è piuttosto raro mentre Cotoni è quasi unico.
Il cognome Cottoni è 5542° nella regione Umbria Il cognome Cottoni è 3683° nella provincia di Arezzo Il cognome Cottoni è 61° nel comune di NOCERA UMBRA (PG)