Potrebbe derivare da un soprannome grecanico basato su di un'alterazione del termine greco antico kottyfos, "merlo".
Il cognome Cotrufo ha un ceppo a Napoli, uno molto piccolo a Matera ed uno in Puglia nel foggiano e nel barese. Cotruffo è praticamente unico.
Il cognome Cotrufo è 3445° nella regione Puglia Il cognome Cotrufo è 1066° nella provincia di Foggia Il cognome Cotrufo è 79° nel comune di MANFREDONIA (FG)