Dovrebbe derivare da una forma accrescitiva di nomi come Ugo o Baldo (es. Uguccione o Baldiccione), o tramite ipocoristici di nomi come Lorenzo o Vincenzo (nella forma Nencio).
Il cognome Cioni è presente nell'Italia centro settentrionale con probabile origine tosco-emiliana. Ciona è praticamente unico. Cione è decisamente campano. Cionini è tipicamente toscano, della zona che comprende il pisano, il livornese ed il vicino grossetano. Cionna è un cognome marchigiano specifico della provincia di Ancona. Cionni, molto raro, è laziale, forse del romano.
Il cognome Cionni è 5606° nella regione Abruzzo Il cognome Cionni è 2003° nella provincia di L'Aquila Il cognome Cionni è 11° nel comune di BARETE (AQ)