Dovrebbe derivare da una forma accrescitiva di nomi come Ugo o Baldo (es. Uguccione o Baldiccione), o tramite ipocoristici di nomi come Lorenzo o Vincenzo (nella forma Nencio).
Il cognome Cioni è presente nell'Italia centro settentrionale con probabile origine tosco-emiliana. Ciona è praticamente unico. Cione è decisamente campano. Cionini è tipicamente toscano, della zona che comprende il pisano, il livornese ed il vicino grossetano. Cionna è un cognome marchigiano specifico della provincia di Ancona. Cionni, molto raro, è laziale, forse del romano.
Il cognome Ciona è 30079° nella regione Friuli-Venezia Giulia Il cognome Ciona è 9535° nella provincia di Siena Il cognome Ciona è 589° nel comune di GAIOLE IN CHIANTI (SI)