Dovrebbe derivare, direttamente o tramite modificazioni dialettali, per aferesi dal nome latino Caecilia, cognomen della Gens Metilia (si ricorda Santa Cecilia martirizzata nell'anno 232).
Secondo un'altra ipotesi deriverebbe dal dialetto grecanico cilìa, "ventre".
Il cognome Cilea, molto raro, è specifico di Reggio Calabria. Cilia è decisamente siciliano, diffuso in tutta l'isola, anche se con massima concentrazione nel ragusano.