Dovrebbe derivare da soprannomi legati o a caratteristiche fisiche o a località d'origine (casa del puzzo), cioè luogo dove si svolgeva una lavorazione maleodorante come ad esempio la concia delle pelli.
Il cognome Capuzzo è concentrato al nord ed probabilmente originario della provincia di Padova. Capuzzoni è invece lombardo originario della zona tra Pavia e Milano.