Potrebbe derivare dal nome medioevale Bonuso, attribuito al proprio figlio augurandogli che possa fare un buon uso della propria vita. Per i ceppi meridionali potrebbe trattarsi di un cognome attribuito a trovatelli da funzionari borbonici.
Il cognome Bonuso ha un piccolo ceppo nel napoletano, uno nel leccese ed uno a Palermo. Bonusi sembra specifico del bresciano.