Potrebbe derivare da un'italianizzazione del casato nobile francese
De Bonnelles, originato dal
toponimo Bonnelles di Yvelines, a sud di Versailles, vicino a Chartres.
Secondo un'altra ipotesi deriverebbe invece dal casato de Bonneuil, originato dal nome del paese francese Vouneuil-sous-Biard, situato presso Vienne.
Tracce di queste cognominizzazioni si trovano a Roma in una lettera del Cardinal Bentivoglio datata novembre 1620: "Or ora parte da me il nostro Signor di Bonuglio, che è venuto a rallegrarsi meco in nome del Signor Duca di Luines di questo felice successo di Boemia, avendomi fatto dire il medesimo Signor Duca, che il Re n' ha sentita allegrezza grandissima. ...".
Il cognome
Bonugli, rarissimo, sembrerebbe originario della provincia di Lucca.
Bonuglia è specifico di Roma e del romano.