Dovrebbe derivare dal nome medioevale Bonuccius (da Bonus, "buono, di buon carattere") di cui si ha un esempio nell'anno 1301 tra gli Anziani della città di Pisa incaricati dell'Ordine di Controllo è annoverato Bonuccius de Brachiis.
Tracce di questo cognome si trovano a Roma nella prima metà del 1500 con il Padre Servita Agostino Bonucci, generale dell'ordine e teologo, e più tardi, sempre nel 1500 con Stefano Bonucci, vescovo di Arezzo dal 1574 al 1589 e poi cardinale.
Il cognome Bonucci è tipico di Toscana, Umbria e Lazio centrosettentrionale.