Potrebbe derivare da una modificazione del nome Bono, dal latino Bonus, "di buon carattere".
Il cognome Bononi è presente nel nord Italia, nella provincia di Rovigo in particolare. Bonon, rarissimo, è veneto.
Il cognome Bononi è 2982° nella regione Veneto Il cognome Bononi è 143° nella provincia di Rovigo Il cognome Bononi è 1° nel comune di FIESSO UMBERTIANO (RO)