Dovrebbe derivare dal nome medioevale Boninus di cui si ha un esempio nello scrittore del XIII secolo Boninus Mombritius, autore del de dominica passione: "...quate Boninus Mombritius, qui ut alias dixi, acta Sanctorum duobus tomis impresserat...".
Tracce di queste cognomizzazioni si trovano a Verona nella seconda metà del 1400 con il letterato Boninus de Boninis.
Il cognome Bonino è tipicamente piemontese.