Dovrebbe derivare dal nomen latino Bonifatius ("buona fortuna") di cui si ha un esempio con il Papa del VII secolo Bonifatius (Bonifacio IV) o dalla forma medioevale Bonifazio.
Tracce di questa cognomizzazione si trovano nel 1300 con ser Pietro di Giovanni de’ Bonifazi da Cascia citato come giudice a Firenze in alcune sentenze del 1340 e seguenti.
Il cognome Bonifazi è specifico della fascia che comprende Marche, Umbria e Lazio.