Dovrebbe derivare da un soprannome originato dal nome medioevale Bocca o Bucca o anche da toponimi contenenti la radice Bocca come ne esistono molti in tutto il paese.
Tracce illustri di queste cognomizzazioni si trovano nel 1200 a Genova con il Capitano del Popolo Guglielmo Boccanegra di una ricca famiglia di mercanti e nel 1300 con suo nipote Simon Boccanegra primo Doge di Genova eletto il 24 Settembre 1339.
Il cognome Boccanegra è specifico genovese anche se ora è presente soprattutto a Venezia. Boccanera è tipico del centro, ha vari ceppi nelle province di Roma, Rieti, Macerata ed Ancona.
Il cognome Boccanera è 1173° nella regione Marche Il cognome Boccanera è 239° nella provincia di Rieti Il cognome Boccanera è 2° nel comune di LEONESSA (RI)
Stemma
Boccanera(LAZ) (Tarquinia) Titolo: nobile di Corneto colomba della pace in volo al naturale su azzurro - stella (6 raggi) di argento in alto su azzurro
Boccanera(LIG) (Genova) decussato d'argento e di rosso; al capo d'argento alla croce di rosso