Dovrebbe derivare dal nome latino Benignus ("benevolo, buono").
Si ricorda San Benigno Bossi, che fu arcivescovo di Milano dal 465 al 472, ed un San Benigno che fu allievo e discepolo prediletto di San Patrizio patrono d'Irlanda.
Tracce di queste cognominizzazioni si trovano ad esempio nei Fragmenta historiae pisanae pisana dialecto conscripta nell'anno 1278: "...MCCLXXVIII. In del cui tempo si fecie la pacie cho li Fiorentini, Lucchezi, Senesi, Pistoresi, e li autri Comuni de la Compagnia de' Guelfi di Toscana, essendo a oste di fuori dal fosso a Rinonichi; e feciesi in del padiglione di Fiorenza; e funno Ambasciatori e Sindichi del Comuno di Pisa Messere Marzucho Iscornigiano, Messere Nicolò de' Benigni, e Messere Guido da Vada;...".
Il cognome Benigni è specifico della fascia centrale che comprende Toscana, Marche e Lazio, ma con ceppi anche in trentino, nel bergamasco e nel genovese.
Il cognome Benigni è 284° nella regione Marche Il cognome Benigni è 92° nella provincia di Ascoli Piceno Il cognome Benigni è 4° nel comune di MONSAMPOLO DEL TRONTO (AP)
Stemma
Benigni(LAZ) (Roma) d'argento, alla sbarra di nero
Benigni(LAZ) (Roma) (d'azzurro, al delfino di ..., arcuato in fascia, sormontato da una stella (6) d'oro)
Benigni(LAZ) (Roma) d'argento al liocorno rampante di rosso