Dovrebbe derivare dal nome Baldassarre legato all'assiro-babilonese Belshar-uzur, che significa "Bel (divinità degli Assiri), proteggi il re" oppure "Bel protegge la sua vita".
Il cognome Baldisser, molto raro, è tipico trevisano. Baldissera è veneto e friulano. Baldisseri è specifico della zona compresa tra la provincia di Vicenza e quella di Padova. Baldisserotto è vicentino. Baldisserri è delle province di Bologna e Ravenna.
Il cognome Baldisser è 5606° nella regione Veneto Il cognome Baldisser è 1255° nella provincia di Treviso Il cognome Baldisser è 35° nel comune di CASELLA (GE)