Dovrebbe discendere da un ceppo spagnolo e derivare da un antico toponimo ormai scomparso Atzena o Assena in prossimità di Ales (OR).
Tracce di questo cognome si trovano in alcuni atti fin dal 1400.
Il cognome Atzei è tipico della zona sudoccidentale della Sardegna. Atzenis, quasi scomparso, è del cagliaritano.
Il cognome Atzenis è 7171° nella regione Sardegna Il cognome Atzenis è 2306° nella provincia di Nuoro Il cognome Atzenis è 112° nel comune di LOTZORAI (NU)