Dovrebbe derivare dal toponimo Arzago d'Adda (BG).
Si ha traccia di un Pietro e Guglielmo Arzaghi a Lodi (l'attuale Lodivecchio) già nel 1233 e nel 1590 con gli Arzaghi elencati nel Repertorio delle famiglie nobili della città di Milano.
Il cognome Arzagli è praticamente estinto ed è specifico lombardo.