Dovrebbe derivare dal termine aparo, "arnia, cassettino per le api", probabilmente ad indicare che il capostipite facesse l'apicultore.
Tracce di questa cognominizzazione si trovano in un testamento palermitano dell'anno 1333, dove, tra i vari lasciti, ne figura uno ad un certo Christopharo Aparo: "...Item legavit Christopharo Aparo unceas decem..." e nella seconda metà del 1600 con Don Tommaso Aparo sacerdote di Santa Maria Maggiore ad Ispica (RG).
Il cognome Aparo è tipicamente siciliano, dell'area siracusano ragusana.