Potrebbe derivare dal nome medioevale Agninus, un ipocoristico del termine latino agnus, "agnello", nome attribuito dalla devozione cristiana in memoria di Cristo Agnus Dei (agnello di Dio). In alcuni casi poteva trattarsi di un cognome attribuito a dei trovatelli.
Il cognome Agnini è sparso un po' in tutta l'Italia. Agnino ha un piccolo ceppo nel napoletano ed uno più consistente nel tarantino.
Il cognome Agnino è 7542° nella regione Puglia Il cognome Agnino è 1514° nella provincia di Taranto Il cognome Agnino è 36° nel comune di SAN GIORGIO IONICO (TA)